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食品的微生物純度控制在食品工業中非常重要。污染食物的特征通常表現為變質的味道、氣味或外觀，當食用污染的食物時會對人類健康和生命的威脅。此外，污染也會給食品行業帶來巨大的經濟損失。用于鑒定微生物的方法有基于表型的鑒定、免疫學、遺傳學、或光譜的技術等。這些方法的缺點是費時費力。而MALDI-TOF質譜法快速鑒定微生物因其更快速、準確、經濟、易操作，在食品微生物學領域越來越重要。快速鑒定微生物，對食品安全質量控制至關重要。
食物腐敗微生物（惡臭假單胞菌等）產生改變感官特性的代謝物產品，如外觀、質地、味道和氣味，以及降低其營養價值。這也導致了巨大的食品工業的經濟損失。食物變質細菌通常不會導致人類疾病，大量攝入它們可能會導致胃腸道疾病干擾。此外，誤食細菌產生毒素的食物，導致食物中毒，威脅對人類健康和生命。導致食物腐敗的常見病原體包括單核細胞增生性李斯特菌、大腸桿菌，沙門氏菌、金黃色葡萄球菌等。
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